Der Rat der Alianza (span. Consejo) ist das wichtigste Entscheidungsgremium der Alianza in Chachapoyas. Ihm gehören neben einem hauptamtlichen Mitarbeiter zahlreiche Chachapoyanerinnen und Chachapoyaner an, die eingehend mit den Verhältnissen vor Ort vertraut sind und ehrenamtlich ihre große Erfahrung zur der Planung und Durchführung von Projekten zur Verfügung stellen.

Wichtige Entscheidungen – beispielsweise die Vorauswahl von Projekten – werden hier getroffen. Gleichzeitig ist der Rat der Alianza auch die Schnittstelle zum Gemeinsamen Missionsausschuss (GMA) in Deutschland und zur Leitung der Diözese Chachapoyas.